โรงเรียนสฤษดิ์เสนาพิทยาคมจัดตั้งเพื่อสนองพระบรมราโชบายพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราชบรมนาถบพิตร ในการเสด็จพระราชดำเนินเพื่อเยี่ยมทหารตามโครงการพัฒนา ลุ่มน้ำเข็ก เมื่อปีพุทธศักราช ๒๕๑๙ โดยมีพันเอกมนัส คล้ายมณี ซึ่งเป็นผู้บังคับการกองพันพิเศษ ในขณะนั้น เฝ้ารับเสด็จ ต่อมามีการริเริ่มในการสร้างโรงเรียนมัธยมศึกษาขึ้นในสมัยของพันเอกอุดม เกษพรม ผู้บังคับการ กรมรบพิเศษที่ 4 ค่ายสฤษดิ์เสนา เนื่องจากมีนักเรียนที่จบชั้นประถมศึกษาจำนวนมากขึ้น และต่อมา พันเอกหาญ เพไท ที่ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้บังคับการกรมรบพิเศษที่ 4 ได้ดำเนินการตามเจตนารมณ์ของผู้บังคับการฯ คนเดิม ได้จัดสร้างอาคารเรียนชั่วคราว เปิดเป็นโรงเรียนสาขาของโรงเรียนวังทองพิทยาคม ทำพิธีเปิด เมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม พ.ศ. 2527 มีนักเรียน 81 โดยมีนายสายหยุด แพนคร ทำหน้าที่หัวหน้าโรงเรียนสาขาวังทองพิทยาคม

             ปีการศึกษา พ.ศ. 2529 กระทรวงศึกษาธิการ ได้ประกาศจัดตั้งเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษา สังกัดกรมสามัญ ศึกษา เมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2529 และแต่งตั้ง นายองอาจ สุขแสงสุวรรณ เป็นครูใหญ่ ตั้งชื่อโรงเรียนว่า โรงเรียนสฤษดิ์เสนา (ค่ายสฤษดิ์เสนาอุปถัมภ์) และมีผู้บริหารสถานศึกษา ตามลำดับ ดังนี้

             ปีการศึกษา พ.ศ. 2532 นายสุรเดช วงษ์บา ตำแหน่งครูใหญ่ และ อาจารย์ใหญ่ มีนักเรียนจำนวนทั้งสิ้น 140 คน

             ปีการศึกษา พ.ศ. 2537 นายพละ พันธุ์พินิจ ตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ มีนักเรียนจบในระดับชั้นมัธยมศึกษา ปีที่ 6 รุ่นที่ ๑ ในปีการศึกษา พ.ศ. 2542

             ปีการศึกษา 2543 นายนาถ นาคพงษ์ ตำแหน่งอาจารย์ใหญ่

             ปีการศึกษา 2544 นางโสภา นครจินดา ตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ และผู้อำนวยการโรงเรียน

             ปีการศึกษา 2549 นายบรรจง เลิศเสม ตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน

             ปีการศึกษา 2551 นายประชุม ปิ่นสกุล ตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียน และ ได้เพิ่มชื่อโรงเรียนเป็น โรงเรียนสฤษดิ์เสนาพิทยาคม เมื่อเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2552

             ปีการศึกษา 2553 นายกฤต คงชู ตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน

             ปีการศึกษา 2557 นางเรณู บุญเสรฐ ตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน

             และวันที่ ๑ มีนาคม พ.ศ. 2562 นางสาววิไล อ่อนตานา ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนโรงเรียนจนถึงปัจจุบัน